土木工程系是学院重点建设系部，也是目前学院最大的系，现开设了建筑工程技术,建设工程管理，工程造价,建筑装饰工程技术和工程测量技术等五个专业，其中建筑工程技术专业是安徽省高职高专特色专业，本系专业教师从合肥工业大学在职教师，离退休教师中聘用，大部分教师具有副教授以上职称，教学经验丰富，本系拥有力学实验室，建材实验室，测量实训室，建筑CAD培训中心，水力学实验室，土力学实验室，建筑结构实验室等实验实训基地七个。

    本系始终坚持以建筑企业对人才的需求为导向，不断提升专业内涵，加强对学生实际动手能力，职业技能的培养，近年来毕业生的就业率均在95%以上。