土木工程系是学院重点建设系部，也是目前学院最大的系。现开设了建筑工程技术，建设工程管理、工程造价、建筑装饰工程技术和工程测量技术等五个专业，其中建筑工程技术专业是安徽省高职高专特色专业。本系专业教师从合肥工业大学在职教师、离退休教师中聘用，大部分教师具有副教授以上职称，教学经验丰富。本系拥有力学实验室、建材试验室、测量实训室、建筑CAD培训中心、水力学试验室、土力学试验室、建筑结构试验室等实验实训基地7个。本系始终坚持以建筑企业对人才的需求为导向，不断提升专业内涵，加强对学生实际动手能力、职业技能的培养，近年来毕业生就业率均在95%以上。
